香港特區政府除了由政府部門執行政策外，還有不少公營機構，負責政府認為較需要社會人士參與的工作。這些機構由特區政府出資成立及資助，但不屬於政府體制，較政府部門有較多的自主權，如管理全香港所有公立醫院的醫院管理局、協助香港工業發展的香港生產力促進局等。
其餘原隸屬布政司署的決策科或資源科（如：布政司署運輸科、布政司署保安科等）均改稱決策局或資源局（運輸局、保安局）
財經事務及庫務局局長在「香港金融產業助力內地企業揚帆出海」交流午餐會致辭全文（只有中文）（附圖）
公務員事務局負責香港公務員隊伍的整體管理和發展。其中三份重要文件:《公務人員（管理）命令》、《公務人員（紀律）規例》和《公務員事務規例》列出管理公務員權力的來源及執行管理工作的架構。紀律部隊人員的品行和紀律，亦受到有關紀律部隊法例的規管。
自回归以来，「一国两制」成功实践是香港长期繁荣稳定的最佳制度保障。香港几年来经历了风风雨雨，现正「由乱到治」迈向「由治及兴」的关键时刻。
香港在一代又一代市民的努力下，已经建立了很好的发展基础，我在任内亦会把握好香港「由治及兴」的关键五年。我的施政理念会以人为本，强调以结果为目标，解决市民的问题。我深信，政府抱着以人为本的精神，创造有利发展的条件和机会，让市民分享发展成果，能够提升市民的幸福感。第六届特区政府会团结务实、强化管治效能，提升香港的国际竞争力，以行动争取信心，以结果收窄分歧，以成绩凝聚互信，把香港建设成为更充满希望、更宜居、更开放的城市。
行政長官是香港政府的政府首腦，負責領導香港特別行政區政府，此職位成立於一九九七年，大致代替香港總督的職權。轄下由三層架構組成：
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政府介紹,歷史沿革,特區政府機構,行政會議,公營機構,機構名稱改編,行政機構,行政職稱,立法機構,司法機構,職能機構,
根據《香港特別行政區基本法》第六十二條，香港特別行政區政府行使下列職權：
香港特別行政區公務員事務局薪級表 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
《公務人員（紀律）規例》是根據《公務人員（管理）命令》而制定的，並規管紀律處分的事宜及解僱公務員的程序。除了部分須受各有關條例管限其紀律的公務人員（主要是紀律部隊員佐級人員）外，該規例適用於其餘大部分公務人員。
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《公務員事務規例》是行政長官制定或授權制定的行政規例。這套規例詳列了公務員事務局局長以及各部門或職系首長執行對公務員隊伍的日常管理工作的權力、公務人員的聘用條款和服務條件，以及在紀律和工作表現方面應該符合的標準，是管職雙方在公務員的日常管理上主要的參考依據。公務員事務局會發出各種通告及通函，以對各條規例作出補充和闡釋。公務員事務局局長獲得授權，可以修訂、補充、施行、解釋和批准豁免遵行《公務員事務規例》。
各專業界別的參與亦至關重要。諮詢正是專業界別發揮影響力的時候，專業人士的國際視野與專業知識，能為編制香港五年規劃提供更具前瞻性的建議。同時，五年規劃是每位市民生活的藍圖。房屋供應、交通建設、教育改革、醫療政策，無一不與市民息息相關，都需要專業界別運用知識和經驗提供意見，百川匯流，形成真正屬於香港的五年規劃。
香港特別行政區政府組織圖（繁體 （页面存档备份，存于互联网档案馆）、簡體 （页面存档备份，存于互联网档案馆））